Yeast Strain Collections/ Hefe-Stammsammlungen

Die Hefestammsammlungen erlauben das Archivieren von Hefestämmen, das Suchen nach verschiedenen Parametern und das Exportieren der Stamminformationen als Textdatei. Die Sammlungen sind für Saccharomyces cerevisiae optimiert, eine Anpassung für Schizosaccharomyces pombe wurde von Douglas Drummon (Douglas.Drummond@man.ac.uk) vorgenommen und ist z.B. von FTP.Bio.Indiana.edu als "Spombe strain collection1.1" zu bekommen.
Das Programm geht davon aus, daß die Sammlung in Einfrierkästchen zu 10x10 (Yeast Collection 100 in englisch und eine deutschsprachige Version) oder 8x8 (Yeast 64) gelagert wird. Der Updater erlaubt Besitzern der deutschen oder englischen Versionen 1.0 und 1.1, ihre Sammlung auf 1.2 zu bringen, ohne die eingegebenen Daten zu verlieren.

Tips zum Gebrauch

Zur Stammeingabe klickt man die entsprechende Position im Einfrierkasten (ist sie schon besetzt, wird die Stammbeschreibung eingeblendet), mutierte Allele werden aus einer Genliste gewählt, die auch zur Suche nach Allelkombinationen dient, das verhindert Fehler durch falsch oder inkonsistent geschriebene Gennamen. Diploide Neukonstruktionen können auch durch "Paarung" der Elternstämme in derselben Sammlung eingegeben werden. Der Paarungstyp bzw. Ploidie wird über ankreuzbare Felder bestimmt. Bei Diploiden wird bei jeder Allelwahl abgefragt, ob das Gen homozygot oder heterozygot mutiert ist. Neben den Stammnamen können Plasmide, die Herkunft des Stammes und weitere Textinformation mit jedem Stamm gespeichert werden. Zusätzlich können Informationen zu den Genen/Allelen (z.B. codiertes Enzym, Besonderheit des Allels, Ursprungslabor...), und zu einzelnen Kästen (nützlich, wenn eine gemeinsame Sammlung von mehreren Mitarbeitern besteht, oder Kästen für bestimmte Projekte reserviert sind) im Programm gespeichert werden.
Stämme können innerhalb einer Sammlung und zwischen Sammlungen kopiert werden.
Stammsuchen sind nach Textkriterien (Stammname, Plasmid, Kommentar) und durch Angabe von Allelkombinationen möglich. Dabe können beliebige mutierte Allele eines Gens oder bestimmte Allele spezifiziert werden (bzw. bei Diploiden homozygot/heterozygot). Die Suchergebnisse können gespeichert und durch weitere Suchen ergänzt werden, die Liste kann in eine Textdatei geschrieben werden (z.B. für Publikationen oder Dissertationen).
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Last edited: September 23, 1995 by KaiFr