Yeast Strain Collections/ Hefe-Stammsammlungen

Die Hefestammsammlungen erlauben das Archivieren von Hefest?mmen, das Suchen nach verschiedenen Parametern und das Exportieren der Stamminformationen als Textdatei. Die Sammlungen sind f?r Saccharomyces cerevisiae optimiert, eine Anpassung f?r Schizosaccharomyces pombe wurde von Douglas Drummon (Douglas.Drummond@man.ac.uk) vorgenommen und ist z.B. von FTP.Bio.Indiana.edu als "Spombe strain collection1.1" zu bekommen.
Das Programm geht davon aus, da? die Sammlung in Einfrierk?stchen zu 10x10 (Yeast Collection 100 in englisch und eine deutschsprachige Version) oder 8x8 (Yeast 64) gelagert wird. Der Updater erlaubt Besitzern der deutschen oder englischen Versionen 1.0 und 1.1, ihre Sammlung auf 1.2 zu bringen, ohne die eingegebenen Daten zu verlieren.

Tips zum Gebrauch

Zur Stammeingabe klickt man die entsprechende Position im Einfrierkasten (ist sie schon besetzt, wird die Stammbeschreibung eingeblendet), mutierte Allele werden aus einer Genliste gew?hlt, die auch zur Suche nach Allelkombinationen dient, das verhindert Fehler durch falsch oder inkonsistent geschriebene Gennamen. Diploide Neukonstruktionen k?nnen auch durch "Paarung" der Elternst?mme in derselben Sammlung eingegeben werden. Der Paarungstyp bzw. Ploidie wird ?ber ankreuzbare Felder bestimmt. Bei Diploiden wird bei jeder Allelwahl abgefragt, ob das Gen homozygot oder heterozygot mutiert ist. Neben den Stammnamen k?nnen Plasmide, die Herkunft des Stammes und weitere Textinformation mit jedem Stamm gespeichert werden. Zus?tzlich k?nnen Informationen zu den Genen/Allelen (z.B. codiertes Enzym, Besonderheit des Allels, Ursprungslabor...), und zu einzelnen K?sten (n?tzlich, wenn eine gemeinsame Sammlung von mehreren Mitarbeitern besteht, oder K?sten f?r bestimmte Projekte reserviert sind) im Programm gespeichert werden.
St?mme k?nnen innerhalb einer Sammlung und zwischen Sammlungen kopiert werden.
Stammsuchen sind nach Textkriterien (Stammname, Plasmid, Kommentar) und durch Angabe von Allelkombinationen m?glich. Dabe k?nnen beliebige mutierte Allele eines Gens oder bestimmte Allele spezifiziert werden (bzw. bei Diploiden homozygot/heterozygot). Die Suchergebnisse k?nnen gespeichert und durch weitere Suchen erg?nzt werden, die Liste kann in eine Textdatei geschrieben werden (z.B. f?r Publikationen oder Dissertationen).
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Last edited: September 23, 1995 by KaiFr