Plasmid-Sammlungen

Die Plasmidsammlung erlaubt das Archivieren von Plasmiden und ihren Wirtsstämmen.
Das Programm geht davon aus, daß die Sammlung in Einfrierkästchen zu 10x10 (Plasmid Coll. 10x10 in englisch und eine deutschsprachige Version) oder 8x8 (Plasmid Collection 8x8) gelagert wird. Die englischsprachige Beschreibung enthält Bildschirmdarstellungen des Programms.

Tips zum Gebrauch

Zur Eingabe neuer Stämme wird die entsprechende Position in der Kastendarstellung angeklickt. Ist die Position schon besetzt, werden die Daten des gelagerten Stammes angezeigt.

Bei der Eingabe der Stammbeschreibung werden die plasmidcodierten Gene aus einer selbsterstellten Genliste durch Anklicken kombiniert, während Genallele des Wirtsstammes beim untransformierten Stamm (der ja meist in derselben Sammlung gelagert ist) ins Kommentarfeld eingegeben werden sollten. Stämme ohne Plasmid werden automatisch in ein Rollmenu aufgenommen, aus dem sie für die Eingabe "Wirtsstamm" gewählt werden können. Ausgangsplasmid und einkloniertes Fragment werden entweder über die Eingabe der jeweiligen Position in der Sammlung, durch Wählen aus einem Suchergebnisfeld oder durch direktes Eintippen eingegeben, in den ersten beiden Fällen ist später ein "Rangieren" zu den Elternplasmiden (und zurück) möglich (analog kann zum untransformierten Wirtsstamm und zurück geschaltet werden). In Textfeldern können alternative Namen für den Stamm, die Herkunft und beliebiger anderer Text für jeden Stamm eingegeben werden. Wenn eine RE-Karte als PICT- oder MacPaint-Datei zur Verfügung steht, kann über ein automatisch erzeugtes Alias eine Verbindung dazu hergestellt werden und die Karte eingeblendet werden. Die Alias-Dateien werden in einem Ordner gesammelt, der Wechsel des Ordners wird mit dem Knopf "Neuer Aliasordner" eingegeben. Wenn im Stapel "Plasmid-Maker" eine Beschreibung (Gene und/oder RE-Stellen) des jeweiligen Plasmids vorliegt, kann zu diesen Daten gewechselt werden.
Zu jedem Gen kann Zusatzinformation (codiertes Enzym, Mutantenphänotyp...) gespeichert werden, ebenso zu jedem Kasten, nützlich, wenn mehrere Forscher ihre Sammlungen gemeinsam verwalten oder wenn Kästen für ein bestimmtes Projekten reserviert sind).
Die Stämme können innerhalb der Sammlung (es ist meist schneller, einen ähnlichen Stamm zu kopieren und die Unterschiede zu ändern als alle Daten von Grund auf neu einzugeben) und zwischen verschiedenen Sammlungen kopiert werden.
Plasmide können in der Sammlung nach verschiedenen Kriterien (Name, Kommentar, Wirtsstamm, Gene und Allele) gesucht werden. Auch zur Zusammenstellung von Auszügen aus der Plasmidsammlung lassen sich Stämme suchen, in Ergebnislisten zusammenzustellen, durch Löschen und Zukopieren von Stämmen bearbeiten und ihre Beschreibungen als Datei zu exportieren (z.B. für Diplom- und Doktorarbeiten, PublikationenŠ). Achtung: Die Genbezeichnungen müssen korrekterweise kursiv gesetzt werden.


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Last edited: January 22, 1996 by KaiFr